处得到报告后极为震怒，此时史迪威与蒋介石的矛盾本已十分激烈，现“清君侧计划”有了这么个背景，他蒋介石怎么能容忍得了？几天后，蒋介石要外交部正式通知美国政府，要罗斯福总统解除史迪威的职务并调回美国国内。后来，经过东南亚盟军司令蒙巴顿将军和美国空军补给司令萨摹维尔将军的出面斡旋，再加上与美国关系很深的宋家姐妹的劝说，蒋介石考虑到自己即将要参加开罗会议，终于在自己的官邸接受了史迪威的当面道歉。
但由此引起的风波并没有过去。
史迪威是因蒋介石的要求，而被美国罗斯福总统任命为中国战区参谋长的，后蒋介石让其全权指挥在缅甸的中国远征军。史迪威到任不久，就发现中国军队的指挥系统存在严重的问题。欧美国家的军队的军官对上级的命令绝对服从，不管是谁，只要有指挥权就能指挥调动军队。而在中国则不然，中国军队的上下级关系由个人恩惠来决定，军官只听从某个人的命令，其他人即使有指挥权，也指挥不动军队。虽然蒋介石明言在缅甸的中国远征军的指挥权归史迪威，但事实上在缅甸的中国远征军只听从蒋介石的命令，史迪威根本不能有效地指挥军队。后中国远征军与英印联军的联合作战被日本军队打败，英印联军很快退回了印度。此时，由于中国远征军退回中国的路已被日本军队切断，史迪威命令中国军队撤往印度。但蒋介石越权指挥，命令中国远征军撤回云南。因为命令上的不统一使中国远征军的军官们十分为难，结果有两个师听从了史迪威的命令撤往了印度，其他的则听从蒋介石的命令撤回了云南。在退回云南的途中，中国远征军迂回穿越人迹未至的原始森林，结果饥饿和疾病导致士兵大量死亡，十多万人的部队最后到云南后只有留下四万人了。
史迪威从印度回到重庆后，要求处分那些不听从他命令的中国将军。史迪威称他作为中国远征军的全权总指挥，部下不听他的命令理应受到惩罚，提出要枪毙四个不听命令的师长。但蒋介石采取了宁人息事的方法只作了个别人员的调动处理，史迪威对此非常不满，认为必须对中国军队进行结构上的改造。由于史迪威对蒋介石的部队无法插手，他提出在印度亲自训练一支十万人中国军队的计划。史迪威说：“如果给予正确的指导，中国军队不逊于任何国家的军队。”当时，在印度的中国军队约有一万多人，史迪威多次要求蒋介石向印度空运人员，把驻印度的中国军队补充到十万人。军队是蒋介石的命根，在军队的事务上他不可听从一个外国人的调遣，更不希望看见中国出现另一支他指挥不了而又非常强大的军队。所以，尽管史迪威再三催促，蒋介石为顾全美国人的面子只向印度空运了一万多人，使史迪威训练十万中国军队的计划胎死腹中。为此，史迪威与蒋介石的矛盾越来越表面化。史迪威多次向美国总统罗斯福写报告，说蒋介石是无能大小人，蒋介石的政府是腐败无能的政府。当时，罗斯福急于要中国军队在中国开辟第二战场联手打击日本军队，对史迪威的报告没有给予过多的理睬。
也正因为如此，由于是罗斯福的邀请蒋介石参加了开罗会议。
蒋介石出席开罗会议，这是他在第二次世界大战中惟一一次参加的国际首脑会议。罗斯福主要是想通过此次会议，希望蒋介石往后能主动积极地对日本军队作战。所以，当蒋介石在会上提出要求战后返还被日本武力夺去的台湾、澎湖列岛时，罗斯福和丘吉尔均表示了同意。但在谈到对日本军队作战的问题时，蒋介石已看出罗斯福急于想在中国开辟第二战场的心情，就言语支吾，推说中国军队装备落后，加上补给困难，要发起对日本军队的大规模作战有些力不从心。对蒋介石的态度，罗斯福虽然口头上表示了理解，但内心里是十分不满的。据罗斯福儿子的回忆录记载，罗斯福在开罗会见了蒋介石后说：“我现在明白了，蒋介石的军队一心只放在监视共产党的军队上，根本无心和日本军队作战。我相信蒋介石的确在妨碍史迪威的训练计划。”对罗斯福的内心想法，蒋介石是蒙在鼓里的。开罗会议上，蒋介石以为罗斯福同情中国，向美国提出了不少的条件，其中最大的要求是要美国提供十亿美元的援助。当时，罗斯福不好薄蒋介石的面子没有直接拒绝，只是说他个人是同意的，但要经过国会批准。但蒋介石以为罗斯福个人同意就等同于美国政府同意了，曾多次向罗斯福催要这十亿美元。在开罗会议上，曾决定中国军队和英国海军与一九四三年底发起第二次缅甸战役。后来美英变更了作战计划，英国不配合中国进攻，罗斯福要求中国先单独发起第二次缅甸战役。蒋介石为此给罗斯福回电说：“如果阁下给我十亿美元，再把空运量加倍的话，我就同意。否则中国就要把第二次缅甸战役推后到一九四四年的雨季以后。”蒋介石的态度激怒了美国人，在美国人的眼里，只张口要钱，不出兵打战，这和以往的中国军阀有什么两样？史迪威就此质问蒋介石：“如果这些条件不能满足的话，中国就要停止抗战吗？”蒋介石说：“中国已经单独抗战六年了。”史迪威反问：“这也能作为条件吗？”蒋介石沉默不语了。此外，在开罗会议上还决定在中国的成都修建机场，作为美军飞机轰炸日本的基地。蒋介石回国后动员了四十五万民工在没有任何机械的情况下，只用了六十天就修建成了机场。过后，蒋介石给罗斯福送去了帐单，要求美国支付机场建设费用八亿美元。罗斯福得知后大怒，他认为修个机场也要这么多的钱，完全是无赖行为。罗斯福在给蒋介石的回电中强硬地说：“请阁下协助史迪威的作战计划，向缅甸的日军发起攻击，否则美国将断绝一切援助。”
蒋介石在罗斯福的强压下被迫出兵，让何应钦率新军进入缅甸，开始了第二次缅甸战役。
但蒋介石对美国人不给钱耿耿于怀，既然修建机场的钱美国人不付，那么罗斯福答应的十亿美元的贷款总得给吧。蒋介石为这笔十亿美元，紧盯着罗斯福不放。但这十亿美元的贷款，在美国国内引起了很大争议。原来在这之前，美国国会已批准无条件给中国政府五亿美元的贷款，而且有一半付给了中国政府。可是，过后根据美国财政部的调查，在中国政府提取的美元中有八千万元已经存入了孔祥熙等人的私人帐号。中国政府后来虽然对此作了一些解释，但美国政府对中国官员这种“公私不分”使用国家资金的方式非常恼火。也正因为有这样的不良记录，结果蒋介石要求的十亿美元贷款一分也没有拿到。其实，美国最初并没有考虑向中国贷款，而是准备无偿向中国提供武器装备，让中国军队承担对日本军队作战的主要任务。但蒋介石要美国提供美金形式的经济援助，似乎对美元的热情远远大于对武器装备的热情。美国人开始明白蒋介石的用心了，蒋试图用美元来维持国民党的独裁统治，并把巩固自己的统治地位放在了最重要的位置上。当时，按照中国和美国签订的《租借协定》，美国向中国提供价值三十五亿美元的军用物资。当这些援助物资运进中国后，有很大一部分下落不明，腐败的国民党政府官员都想从中捞好处。不久这些战略物资出现在了黑市，而且不少军用物资还通过走私的方式卖给了日本人。史迪威在向美国总统罗斯福的密报材料里，把国民党政府对军用物资的走私贪污称为是“二战中最大的丑闻”。
一九四四年春季开始后，由于日本军队在太平洋战场上连连败退，海上的运输线被美国军队切断。为此，日本设想在中国大陆打通一条从满洲到越南的陆上通道，并攻占美国在中国大陆的军用机场。不久，日本结集五十多万军队向豫湘桂地区大举进攻。驻守河南汤恩伯的军队有四十多万人，面对五万多日军的进攻竟然全线溃败。同时，面对日本军队的进攻其他地区的中国军队也无心抵抗，在战场上甚至出现了几百人的日军可轻松俘获上万人的中国军队的状况。在历时八个月的作战中，中国军队损失兵力约五、六十万人，丧失河南、湖南、广东和广西等省的大部份土地，丢失大小城市一百四十六座以及美军空军基地七个，还有其它飞机场三十六个。罗斯福总统对中国军队的表现非常不满，为什么中国军队一败再败？罗斯福派副总统华莱士到中国视察，看看问题到底出在哪里。
蒋介石为了给华莱士一个好的印象，他要戴笠把重庆的乞丐全部关进了收容所。
但华莱士对蒋介石政府的印象仍然很糟糕，事后他对蒋的政府的评价是“一个由地主、军阀和银行家支持的落后无知的政府”。不久，华莱士在中国向罗斯福总统发了如下的电报：“我们对蒋介石的支持恐怕是一项短期投资，他实在没有治理战后中国的智慧和政治力量，战后中国领袖大概将会通过政治变革或革命的方式产生出来。从现在的状况来看，战后中国的领袖出自后者的可能性更大。”罗斯福这才感觉到，史迪威多次要求改革中国军队的建议是必要的，而且他开始考虑让史迪威来接替蒋介石担任中国战区的最高指挥官。一九四四年七月，罗斯福给蒋介石发电说：“鉴于中国战局危急，我感到有必要让史迪威指挥在中国的全部中国军队和美国军队，包括共产党军队在内……我理解阁下对史迪威将军的感情，但我找不出另外的人选，具有史迪威那样的能力和决心，是能够实现我们打败日本的计划的。为此，我把史迪威晋升为四星上将，请阁下把中国战区的军队指挥权移交给史迪威将军。”
由于，此时中国军队在日本军队的攻势下连连惨败，蒋介石尽管对罗斯福的电文充满愤怒，但也不好公开拒绝。但蒋介石毕竟是政坛老手，他巧妙地使用了拖延战术。蒋介石在给罗斯福回电时说，他原则上同意把中国军队的指挥权移交给史迪威，但他要罗斯福给一些时间，他要仔细考虑让史迪威担任全权指挥的具体办法。与此同时，蒋介石派宋子文到美国活动，拉拢美国政界的要人为他在罗斯福面前说情。但罗斯福并没有让步，接连四封电报发给蒋介石催促他尽快把中国军队的指挥权交给史迪威。此时，蒋介石不得不作出些表面上的让步，请罗斯福派一个特使来中国协调移交军权的工作。于是，罗斯福派赫尔利到中国与蒋介石具体协商。经俩人几次会谈，达成以下协议：一、史迪威的职务名称为“中华民国陆、空军前敌总司令”；二、史迪威亲自指挥中国陆、空军的对日作战，但作战计划必须经军事委员会审议；三、史迪威对其管辖的军队，可依据中华民国法律实施奖惩任免。虽然名义上史迪威已是中国军队的最高指挥官，但蒋介石仍然没有把实权交给史迪威，罗斯福对此十分恼火。没过多少时间，罗斯福又接到史迪威的来电说，蒋介石准备抽调在缅甸的中国远征军回国，意在坐等美国打败日本的胜利成果。
对此，罗斯福的愤怒是可想而知的，他用向部下发布命令的方式向蒋介石发电说：“请立即把指挥权交给史迪威，一刻也不要再犹豫。”这封电报是由史迪威转交给蒋介石的，当时蒋介石在重庆郊外召开高级军事会议。史迪威本想让翻译当众宣读罗斯福的电报内容，但正在参加会谈的赫尔利阻止了史迪威，把电报译文交给了蒋介石。蒋介石看了电报内容后，神情凝重，他沉默了片刻后宣布了散会。等其他人都离开会场后，会议室里只留下蒋介石和宋子文，这时宋子文见已近六十岁的蒋介石竟像孩子似的抱头嚎啕痛哭。罗斯福的电报竟不顾蒋介石为国家元首的身份，用下命令的口吻让蒋介石交出军权，极大地伤害了蒋介石的自尊，他在这天的日记里写道：“实为余平生最大之耻辱。”
面对罗斯福的“最后通牒”，蒋介石仍旧没有把军权交给史迪威，而是以史迪威得不到中国人的信任所以不能把军队的指挥权交给他，并要罗斯福另派一个中国人可信任的人来，他就同意交出指挥权。于是，蒋介石与宋子文一道致电罗斯福，答应由美国人任中国军队总司令，但永远不同意由史迪威担任。蒋介石还在给罗斯福的电文里表明了自己的底线：“中国国家与个人之人格，如稍有损丧，则余必不惜任何牺牲，决不能因循迁就，否则即使联盟国作战完全胜利，则虽胜犹败。”此时，蒋介石把国家与他个人的人格放在了最重要的位置上。蒋介石不惜决裂的态度，使罗斯福感到了为难。美国虽然不喜欢蒋介石，但也没有其他的解决办法。美国副总统华莱士说：“除支持蒋介石外，好像没有其他的办法，现今中国的任何领导人或集团显然都没有足够力量去接管这个政府。”但是罗斯福并不想让步，只是同意更换史迪威的中国军队前敌总司令的职务，但必须保留史迪威对在缅甸的中国远征军的指挥权。蒋介石拒绝了罗斯福的意见，赫尔利此时也劝罗斯福让步，更换史迪威以换取蒋介石的合作，他在给罗斯福的电报中说：“如总统支持史迪威将军，则要失去蒋主席，甚至还可能失去中国……”罗斯福犹豫了许久后终于决定让步，他调回了史迪威，派魏德迈出任蒋介石的参谋长和在华美军司令。
史迪威被召回国，蒋介石甚为高兴。对此事他在日记反省录中这样写道：“对此事之隐痛，亦可谓极人生之所未有也……中美已误之国交，抗战已颓之形势，皆得由此启起机钥。此后军事、外交与内政，乃可按计划实施矣。”过后，蒋介石在史迪威辞行时对史说：“我们性格各有所长，不如分地工作，各展其长。”蒋介石说完欲授予史迪威青天白日勋章，但被史迪威拒绝了。表面上看，蒋介石在与史迪威的抗争中赢得了胜利，但蒋介石却是事实上的输家，因为蒋介石搞糟了中国政府在美国人心中的形象，使美国政府不再积极支持蒋介石政府，所以蒋史之争也为日后蒋介石政府的垮台埋下了伏笔。史迪威被召回美国后，曾在《纽约时报》上发表过多篇批评蒋介石政府的文章，进一步损坏了蒋介石政府在美国舆论界的形象。同时，罗斯福对中国军队的抗战彻底丧失了信心，连向中国军队提供武器的热情也冷却了。但这对蒋介石来说还不是最重要的，更为严重的是有两件事：
第一件事。美国原来预计如果发动对日本的总攻要牺牲一百万以上的军人，因此罗斯福希望中国出兵分担美国的牺牲，可是蒋介石政府的现状使罗斯福对美中联军共同反击日军的设想完全破灭了。为此，罗斯福不得不请苏联出兵分担美国的牺牲。当然不给苏联好处，斯大林是不肯出兵的，所以在“雅尔塔会议”上罗斯福以同意外蒙古独立的方式，来换取斯大林对日本军队的作战。蒋介石得知后非常气愤，但最后蒋介石还是被迫承认了“雅尔塔会议”所签的密约。蒋介石儿子蒋经国到苏联签约时，向斯大林解释中国不能让外蒙古独立的理由时说：“我们抗战的目的就是为收复失地，今天日本还没有赶走，东北和台湾还没有被收回，反而把这样大一块土地割让出去，岂不失了抗战的本意了？我们的国民一定不会原谅我们，会说我们‘出卖了国土’。在这样的情形之下，国民一定会反对政府，那我们就无法坚持抗战。所以，我们不能同意外蒙古独立。”斯大林听后说：“你说得很有道理，我不是不知道。但你应该清楚，今天并不是我来求你帮忙，而是你求我来帮忙。如果你本国有力量，自己可以打日本，我自然不会提出要求。今天你没有这样的力量，还要讲这些话，就等于是废话。”蒋经国听完，沉默不语了。蒋介石得知后，先是激愤后是无可奈何。为此，他曾一度派人到日本，密谈与日本单独讲和之事，后因国际形势的迅速发展而不了了之。
第二件事。由于蒋介石为保存实力而消极抗日，违背了美国“维持中国