辛苦行军，刘璋回到了涪县，他回到涪县下的第一道命令就是命益州各郡县官员（汉中除外）于一个月后聚集涪县，拜谒刘焉。
刘璋挟新胜之威发布命令，虽然没有表明如果缺席将面临什么结局，却没有人假借各种名义滞留不往，只是让他们没有想到的是，他们中许多人却一去不返。
在拜谒完刘焉陵后，刘璋召益州官员议事（此时他已经被皇上或者说董卓正式任命为益州牧、镇西将军，可以名正言顺的履行州牧职权，不再如张鲁所说），根据所查得的情况，他在会上处理了一批益州官员，民怨甚大者一律斩首，家人以杨氏一党为例处置（他又得新兵七千多人，为此他将吴懿和雷桐调入了补充营，协助侯成、龚都练兵）；罪责较轻的免去本兼各职，查抄家财；当然，他也没忘记提拔一些益州官员（比发吴懿、雷铜，以及吴班、庞义、高沛、王累等人）。最后，他将自己的亲信大量的安插进了益州军、政要职，加强了自己对益州军政的掌控。
益州最重要的三个官职之中，别驾赵韪改任广汉郡太守（这人在历史上奉刘璋为益州牧有功，后来反叛刘璋而死，再世为人的刘璋对他当然不会信任，而益州别驾位高权重，自然不能交与一个不被信任之人），广汉郡乃益州治所所在，赵韪虽被撸去了别驾一职，却也勉强能够接受（他却不知道，很快广汉就不再是益州治所），治中张松改任键为郡太守（以上两上被调离了中枢，说起来刘璋还是不能做到对所有人一视同认，不受历史影响），兵曹从事黄权改任治中一职。别驾一职由荀彧接任，兵曹从事由满宠接任。命郭嘉为从事祭酒，命戏志才为军师祭酒，命荀攸为议曹从事，命陈群为功曹从事，命蔡邕为典学从事，命毛玠簿曹从事，命程昱为决曹从事，任司马朗为巴郡太守、王累为蜀郡太守……
同时为防各郡守拥兵自重，自立为王，刘璋仿后世，决定各郡军、政、法三权独立（战区情况特殊除外，比如汉中受董卓威胁极大，魏延这个太守就掌管着军、政之权，法权由逢纪掌管），法权又被拆分为“执法、都法、判法”，也就是后世“公、检、法”换了个名字。各郡除限定守备部队外，不得以任何形势私自征兵，否则将予严惩，所有士兵军饷由州牧府按州牧府由名录直接划拔，这样既减少贪污军饷的可能，而地方财政不再担负驻军军饷，各太守、县令就算想要征兵，也没有财政支持，自掏腰包又能养活几人？又能供养多久呢？这就大大减轻了郡守、县太拥兵自立的可能。
刘璋的一系列作为不可避免的造成了益州一定程度的混乱，可是他有精兵在手，混乱并没有演变为叛乱……
刘璋以及他的智囊团体认为这样的混乱是值得的，为了益州的长治久安，为了振兴大汉，牺牲再所难免！
刘璋的命令被一一落实后，他宣布从即日起，要为父守孝三年，三年内不动刀兵（自卫反击除外）、不行嫁娶、不举饮宴……士人百姓得知后，称其为孝之典范，又有人将先帝去世时他昏厥七日的经历广而告知，被士人称为忠之楷模。忽然之间，刘璋忠孝之名广传天下，为士人敬重，无数能人贤者争相投效……