公径，甚至与猫共处。”光绪《顺天府志》卷六九的记载称：“崇祯十六年，先是内殿奏章房多鼠盗食，与人相触而不畏。旦后鼠忽屏迹。”
嘉庆《庐州府志》卷四九《祥异》有更明确的记载：“崇祯十四年大疫。郡属旱蝗，群鼠衔尾渡江而北，至无为。数日毙。“
明末鼠类异常活动的现象，结合近代鼠间瘟疫流行过程中鼠类异常活动来看，说明着瘟疫的发生。文献中“毒瘤杀人”、“大头瘟”、“疙瘩瘟”等记载，更加清楚瘟疫的临床症状。起初患者突然发起高烧，有的胡言乱语、行为失控，或者从睡梦中惊醒；然后在腹股沟、腋窝、双腿出现肿胀，一些人长期昏迷或精神错乱。他们的结局多数都是死亡，更为可怕的是，有时候人们正在街上或家中交谈着。一个人突然就开始摇晃，猛然倒在地上死去。人们毫无征兆地成群倒下。无人再去理会街头、闹市、民居里到处都是倒毙后无人掩埋的尸体，尸体腹部肿胀。眼睛通红，张大的嘴里不断流出脓水。在当时的医疗条件下，全世界医生们回天乏术。
今天的医学研究证实。瘟疫是啮齿科动物或身上的跳蚤携带的病菌引起的，主要是鼠类。一般先在鼠类传播，人畜接触后感染，死亡率高达十之六七，发病到死亡可一天内。瘟疫一般分两种：接触传染的腺瘟疫和呼吸传染的肺瘟疫。
1644年发生能在北京的这场瘟疫，判断为先是腺瘟疫后是肺瘟疫的混合肆虐。1644年是近一万年来最冷的几十年的末期（1580-1644）。回归线南移，我国华北地区地处北纬40。地区，平均气温下降4到6摄氏度，气候寒冷。于是草原植被南移，大量的啮齿动物跟随南下，与原来的农耕大明子民争夺生存空间。对中国人明朝人而言，这是一场惨厉结局的争夺。啮齿动物带来的瘟疫病菌，最终消灭了明朝几百万人口。
更加悲壮的是，这次瘟疫主要发生在中国北方，而这里是中事政治文化的中心地域。瘟疫的发生，直接造成了中国北方人口锐减，军队的巨大非战人员损失。预备役兵源的严重不足。
史料记载：北京沦陷前夕，明军守城部队严重匮乏。仅有的一些能上城墙的守军士兵，也是被疾病折磨虚弱不堪。军官，“鞭一人起，一人复卧如故”。尽管北京城是当时世界上最为坚固的军事堡垒，城坚而沟深，但却无奈于可御敌之兵。
这次瘟疫对北京的影响是空前绝后，惨绝人寰的。死鼠尸体污染了战备粮食仓库，也污染了水源，军队和百姓食用后造成瘟疫更大范围扩散；疾病造成的劳动力损失，使紧急战备生产计划化为乌有。瘟疫笼罩下的北京城人人自危，无暇顾它，人心惶惶的京城官民对步步逼近的起义军只能是听之任之。