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神宗底圣旨又下了，他说：
朕为天下留卿，岂不轸卿迫切至情，忍相违拒？但今日卿实不可离朕左右。著司礼监差随堂官一员，同卿子编修嗣修，驰驿前去，营葬卿父；完日，即迎卿母，来京侍养，用全孝思。卿宜仰体朕委曲眷留至意，其勿再辞。（见前）
这道圣旨，由内阁传下，神宗再命司礼监太监何进带去亲笔谕旨：谕元辅：朕以幼冲、赖先生为师，朝夕纳诲，以匡不逮。今再三陈乞守制，于常理固尽，于先帝付托大义，岂不鲜终？况朕学尚未成，志尚未定，一日、二日万几，尚未谙理；若先生一旦远去，则数年启沃之功，尽弃之矣。先生何忍！已有旨，特差司礼监官同先生子前去造葬，事完便就迎接先生老母，来京侍养，以慰先生孝思，务要勉遵前旨，入阁办事，岂独为朕，实所以为社稷，为苍生也。万望先生仰体圣母与朕惓惓恳留至意，毋劳又有所陈。（见同卷《谢降谕慰留疏》）
这时御史曾士楚，给事中陈三谟都上疏，请留居正了。吏部尚书张瀚奉上谕慰留居正，连忙和左侍郎何维柏商议。
“丁忧守制，”维柏说，“是天经地义的事，迁就不得的。”张瀚底宗旨决定了，索性给他一个不理。吏部司官们和尚书说，请他复奏，张瀚只是一味地装糊涂。他说：大学土奔丧，应当加恩；这是礼部底事，和吏部有什么相干！
皇帝夺情的诏书屡次下来了，官员们正在纷纷请留居正，张瀚只是捶着胸膛叹息，他认为从此以后，纲常扫地，对于奉命慰留居正的上谕，始终置之不理。给事中王道成，御史谢思启上疏弹劾张瀚、何维柏，其结果张瀚勒令致仕，维柏罚俸三月，一切都是十月初的事。
夺情的局势既成，居正没有回旋的余地，他只有承认了。他说：
凡朝士大夫，见者闻者，无不恫切叹颂，皆以大义责臣，谓殊恩不可以横干，君命不可以屡抗，既以身任国家之重，不宜复顾其私。臣连日枕块自思，且感且惧，欲再行陈乞，恐重获罪戾。且大婚期近，先帝之所付托，与国家之大典礼，莫此为重，乃一旦委而去之，不思效一手一足之力，虽居田里，于心宁安？用是茹忍哀悰，不敢再申前请，谨当恪遵前旨，候七七满日，不随朝，赴阁办事，随侍讲读。（同卷《乞暂遵谕旨辞俸守制预允归葬疏》）
他提出五个条件，（一）所有应支俸薪，概行辞免；（二）所有祭祀吉礼，概不敢与；（三）入侍讲读，在阁办事，俱容青衣角带；（红袍玉带为吉服，故言青衣角带。）（四）章奏具衔，准加“守制”二字；（五）仍容明年乞假葬父，便迎老母，一同来京。条件提出以后，奉圣旨：“卿为朕勉出，朕心始慰，这所奏，俱准。归葬一节，还候旨行。”（见前疏）
居正夺情之事，虽然是局势造成的，但是造成这个局势的，何尝不是居正？张瀚勒令致仕的时候，居正还没有承认在阁办事，但是他已经推荐王国光继任吏部尚书了。他和国光说：“铨衡重任，非公不足以当之。比时孤方乞归，然不敢以去国之故，而忘谋国之心，故敢以公进。然公之忠亮，实素简于帝心，故疏上即荷俞允，非俟孤言以为用舍也。”（书牍九《答太宰王疏庵》）在苫甴昏迷的当中，居正何尝有一日忘去政权？居正称道伊尹，（文集十一《杂著》）也许他看上伊尹以天下自任的那一点，但是以天下自任，正是热中政权的一个解释。
从居正十九年没有看见文明一面的事实看来，父子之间的感情，委实已经生疏了。居正和文明中间，无论在志趣上，在事业上，都看不出一些共同的场所。十九年的日月，三千里的距离，在父子之间，造成最大的隔阂。居正当然知道丁忧只是二十七个月的请假，在这个时间以后，随时可以起复。但是起复只是一个理论。徐阶致仕了，陈以勤、李春芳致仕了，高拱、殷士儋也致仕了，除了高拱偶然一度重来以外，其余没有一个再看到北京的城阙。政权正和年光一样，是不轻易回转的。居正自从二十三岁举进士以后，经过三十一年的政治奋斗，才取得现在的政治地位，他怎能不留恋呢？
明朝的故事，首辅去位三日以后，次辅便把座位，从内阁的右边迁到左边，翰林院后辈和内阁僚属都穿红袍到内阁道贺。这一次他们穿红袍到内阁来了，大家向次辅吕调阳道贺。调阳是一个老实人，他虽然没有把座位移到左边，但是居然接受大众底道贺。一切增加居正底恚忿。他认识自己还没有去位，人情已经变了，将来当真去位，那还了得！夏言、严嵩对于当日的政权，都曾经支付血腥的代价；以后徐阶、高拱，也都经过最大的危险。现在会不会需要自己偿还这一笔血债！
留恋、畏惧，这两种强烈的情绪，占有居正底胸中。但是最大的原因，还是他舍不得当时的国家。在自己当国的五年三个月中间，整个明朝，已经从困顿的状态中解放出来，成为富强的国家；自己去位以后，会不会重行回到困顿中去？这一切，只为了一个十九年不曾见面的父亲，代价未免太大了。居正觉得李幼孜底语句还在自己耳朵里响着：皇帝冲龄，天下不可一日无相公，相公怎样忍得回去守制呀！
这样他才决定辞俸守制的办法。万历八年他在奏疏中说过：
臣又查得前代典礼与本朝律令，凡夺情起复者，皆居官食禄，与见任不殊。故先年大学士杨博、李贤等，皆从服中升官考满，以事同见任故也。今臣乃辞俸守制，皇上原未夺臣之情，臣亦未尝于制中起复，比之诸臣，事体原自不同。（奏疏九《辞考满加恩疏》）
居正辞俸守制，但是神宗没有让他枵腹从公的道理，所以万历五年十月传旨：元辅张先生，俸薪都辞了。他平素清廉，恐用度不足，著光禄寺每日送酒饭一桌，各该衙门每月送米十石、香油三百斤、茶叶三十斤、盐一百斤、黄白蜡烛一百支、柴二十扛、炭三十包，服满日止。（见奏疏六《谢内府供给疏》）
居正曾和顺天巡抚陈道基谈起当日的心境：
唁贶再临，又辱别谕云云，敢不敬承雅意。但孤暂留在此，实守制以备顾问耳，与夺情起复者不同；故上不食公家之禄，下不通四方交遗，惟赤条条一身，光净净一心，以理国家之务，终顾命之托，而不敢有一毫自利之心；所谓或远或近，或去或不去，归洁其身而已。此孤之微志也。（书牍九《答蓟镇巡抚陈我度言辞俸守制》）
“辞俸守制”是居正发见的名辞，但是一般人目光中，只看到他不奔丧，不守制，怙权贪位。居正曾经谈到“圣贤道理，祖宗法度”，这句话更引起他们底反感。《论语》是一部家喻户晓的书，那一个不曾读过？在宰我提出要把三年之丧更行缩短的时候，孔子生了大气，《论语》里还记着：宰我出，子曰：“予之不仁也！子生三年，然后免于父母之怀。夫三年之丧，天下之通丧也。予也，有三年之爱于其父母乎？”
孔子底逻辑，认定小孩在出身以后的三年中，全靠父母底爱护，因此在父母身死以后，应当守制三年，报答父母底恩爱。现在居正照旧入阁办事，还说什么守制，照旧赐酒赐饭，还说什么辞俸？一切只是名辞底簸弄，还谈什么圣贤道理？最可恨的是负着言论责任的御史、给事中，现在不但不曾弹劾，反而陈请慰留，甘心成为权门底鹰犬！一般人正痛恨着。
万历五年十月初五日，天上发见彗星，从西南方直射东北，苍白的色采，象一道几丈长的白虹，从尾星、箕星，越过牵牛，一直扫射到织女星。这真是一个很大的变异。不错，荀子曾经说过：“夫日月之有蚀，风雨之不时，怪星之党见，是无世而不常有之。上明而政平，则是虽并世起，无伤也；上暗而政险，则是虽无一至者，无益也。”（《天论》）但是荀子底话，一般人不一定读过，他们看到的只是这个非常的大变。彗星出见以后，神宗下诏修省。修省是一种反省的工作，皇帝要百官修省，百官当然也可以请皇上修省。第一个上疏的是翰林院编修吴中行，他说：居正父子异地分睽，音容不接者十有九年，一旦长弃数千里外，陛下不使匍匐星奔，凭棺一恸，必欲其违心抑情，衔哀茹痛于庙堂之上，而责以讦谟远猷，调元熙载，岂情也哉？居正每自言圣贤义理，祖宗法度。宰我欲短丧，子曰：“予也，有三年之爱于其父母乎？”王子请数月之丧，孟子曰，“虽加一日愈于已。”圣贤之训何如也？在律，虽编氓小吏，匿丧有禁，惟武人得墨衰从事，非所以处辅弼也。即云起复有故事，亦未有一日不出国门而速起视事者。祖宗之制何如也？事系万古纲常，四方视听，惟今日无过举，然后后世无遗议，销变之道无逾此者。
中行隆庆五年进士，是居正底门生，上疏以后，进谒老师，连同底稿也递上了。
“这一道奏疏，”居正愕然地问道，“已经奏上了吗？”“没有奏上以前，不敢和老师提起的，”中行说。
中行上疏的第二天，居正另外一个门生，隆庆五年进士，现任翰林院检讨赵用贤上疏：
臣窃怪居正能以君臣之义效忠于数年，不能以父子之情少尽于一日，臣又窃怪居正之勋望积以数年，而陛下忽败之一旦！莫若如先朝杨溥、李贤故事，听其暂还守制，刻期赴阙，庶父子音容乖睽阻绝于十有九年者，得区区稍伸其痛于临岤凭棺之一痛也。国家设台谏以司法纪，任纠绳，乃今哓哓为辅臣请留，背公议而徇私情，蔑至性而创异论，臣愚窃惧士气之日靡，国事之日淆也。
用贤上疏的第二天，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝又联名上疏了。中行、用贤上疏请令居正奔丧归葬，事毕回朝；艾穆、思孝则请令居正回籍守制。他们说：陛下之留居正也，动曰为社稷故。夫社稷所重，莫如纲常，而元辅大臣者，纲常之表也。纲常不顾，何社稷之能安？且事偶一为之者，例也，而万世不易者，先王之制也。今弃先王之制而从近代之例，如之何其可也？居正今以例留，腆颜就例矣，异时国家有大庆贺，大祭祀，为元辅者欲避则害君臣之义，欲出则伤父子之亲，臣不知陛下何以处居正，居正又何以自处也。徐庶以母故辞于昭烈曰，“臣方寸乱矣。”居正独非人子而方寸不乱耶？位极人臣，反不修匹夫常节，何以对天下后世？臣闻古圣帝明王劝人以孝矣，未闻从而夺之也；为人臣者移孝以事君矣，未闻为所夺也。以礼义廉耻风天下犹恐不足，顾乃夺之，使天下为人子者皆忘三年之爱于其父，常纪坠矣。异时即欲以法度整齐之，何可得耶？陛下诚眷居正，当爱之以德，使奔丧终制以全大节，则纲常植而朝廷正，朝廷正而百官万民莫不一于正，灾变无不可弭矣。
北京御史、给事中请留居正的奏疏来了，南京御史、给事中请留的奏疏来了，南京尚书潘晟也上疏请留了，偏偏居正底门生和刑部两个属官上疏请令奔丧，甚至请令守制。这是为的什么？是反动的势力，还是另外有什么阴谋？居正正在痛恨和愤慨。外边的风声愈来愈紧张了。从严嵩时代起，凡是攻击辅臣的，常得廷杖的处分，高拱时代不是也准备廷杖言官吗？一切都在人们底记忆中。居正在七七以内，本来没有入阁办事，他在出处方面，原有周旋的余地，神宗要留居正，便不能不给居正满意。杖、杖、杖，惟有廷杖才是满足居正的办法。然而廷杖是怎样一种处分呢？受刑未毕，随即死在廷中的故事，大家也还记得。血腥又荡漾起来。
礼部尚书马自强晋谒居正，居正匍匐在孝帏里面。自强极力为中行等解释，他说这一群少年人，固然是年少气盛，冒昧无知，但是他们只是为的国家，并不是有意攻击首辅；他说皇上盛怒之下，惟有居正上疏，为他们营救，才可免去一场大祸。自强真有些黯然了。
“居丧之中，管不了外面的事，请马尚书原谅罢，”居正匍匐着回答。
翰林院的官员们一齐上疏救援了。侍讲赵志皋、张位、于慎行、张一桂、田一俊、李长春，修撰习孔教、沈懋学都具名，但是这一次上疏，只是石沈大海，一点影响也没有。眼看吴中行等四个都要受刑了。他们焦急的了不得。新科状元沈懋学想起居正底儿子嗣修，他写信给嗣修，请他和居正说情，一连去了三封信，但是嗣修不敢向居正说。懋学惶急了，他知道李幼滋和居正接近，幼滋不是提倡讲学的吗？和他谈一些纲常之道，一定可以生效，因此懋学又去信了。幼滋底答复只是这几句：“若所言，宋人腐语，赵氏所以不竞也。张公不奔丧，与揖让、征诛，并得圣贤中道，竖儒安足知之！”居正最初请求守制，现在简直是有意不奔丧，从被动成为主动，甚至认为圣贤中道。幼滋这一番言论，更引起一般人底不满。
廷杖底执行更加迫切了。翰林院掌院学士王锡爵约齐十几位翰林院同僚，拜访居正。居正托辞不见，眼看又成僵局。锡爵急了，一直奔到孝闱前面，他又向居正疏解了。他为吴中行等辩护，他请居正申救。
“圣怒太严重了，说不得，”居正说。
‘即是圣怒严重，“锡爵侃侃地说，”也是完全为的相公。“
居正伏着叩头道，“大众要我去，偏是皇上不许我走，我有什么办法？只要有一柄刀子，让我把自己杀了吧！”（见王世贞《首辅传》卷七。又《明史纪事本末》卷六十一云，居正屈膝于地，举手索刃，作刎颈状，曰：“尔杀我，尔杀我”。《明史稿·张居正传》云：居正至引刀作自刭状，以胁之。《明史·王锡爵传》言居正径入不顾。今按世贞与锡爵往还甚密，言较可信，其余则传闻之辞也。）
锡爵骇然地退出了。就这样决定吴中行等受杖的命运。十月二十二日行刑。中行、用贤各杖六十，杖毕，拖出长安门，再用门板抬出北京。中行已经气绝，幸亏中书舍人秦柱率领医士把他救活，大腿上的腐肉割下几十块。用贤是一个胖子，总算受得起，但是大腿上割下来的腐肉有手掌大，后来他底妻索性把这块肉风干，留给子孙，作为传家的教训。在他们两人逐出北京的时候，日讲官右庶子许文穆送给中行一只玉杯，上面镌着几行字：斑斑者何卞生泪，英英者何蔺生气，追追琢琢永成器。
用贤所得的是一只犀角杯，上面也有几行字：
文羊一角，其理沈黝，不惜刻心，宁辞碎首？黄流在中，为君子寿。
艾穆、沈思孝所受的待遇更惨了。廷杖八十以后，手足加了镣梏，收监三日，再得到充军的处分，艾穆遣戍凉州，思孝遣戍神电卫。艾穆、平江人，在湖南、湖北没有分省以前，和居正算是同乡。居正痛切地说：“从前严分宜（严嵩，分宜人）当国的时候，没有同乡对他攻击，如今我比不上严分宜了。”他回想到门生和同乡都向自己攻击，真有些感慨系之。
气量宽宏的大臣，遇到这个局面，用不到愤激，更谈不上廷杖，争是非本来是很平常的，为什么要流血呢？但是明朝的政局，本来不是一个心平气和的局面，居正也不是一位气量宽宏的大臣。他总以为这样便可以压抑当时的舆论，偏偏中行等四人血流满地，气息仅属的形态只激起了一个志士底愤慨。这是万历五年新科进士，观政刑部的邹元标，后来嘉宗天启年间一位有名的大臣。元标看到廷杖以后，随即上疏：陛下以居正有利社稷耶？居正才虽可为，学术则偏，志虽欲为，自用太甚。其设施乖张者：如州县入学，限以十五、六人，有司希指，更损其数，是进贤未广也；诸道决囚，亦有定额，所司惧罚，数必取盈，是断刑太滥也；大臣持禄苟容，小臣畏罪缄默，有今日陈言而明日获谴者，是言路未通也，黄河泛滥为灾，民有驾蒿为巢，